Strano...ma sei sicuro che veramente quegli spazi ci siano?
Certo nella pagina HTML non li potresti vederli perchè gli spazi bianchi multipli (inclusa la tabulazione) vengono automaticamente ignorati dal browser.
Fatti un break di controllo...prima di inviare la stringa al db scrivi

$stringa = trim($stringa);
$len = strlen($stringa);
die($len);

Però mi sorge un dubbio: che campo hai usato nel db? Devi usare un VARCHAR in modo da memorizzare solo i caratteri che ti servono!