codice:
import java.io.*;
import java.io.File;

public class test {
  public static void main (String args[]) {
    File f[] = File.listRoots();
    for (int i=0; i < f.length; i++) {
      System.out.println(f[i].getAbsolutePath());
    }
  }
}
con listRoots() ottieni un array di File che contiene le radici di tutti i tuoi dischi. Da quelle cominci ad esplorare il filesystem con listFiles (o list)
Ciao