apri il file .pdf con notepad e vedi con cosa inizia.
di solito ci sono gli header html, probabilmente hai spazi o altro prima dell'output.
se il problema è questo, si può risolvere così;
Codice PHP:
<?php
define('FPDF_FONTPATH','font/');
require('fpdf.php');
$pdf=new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->Cell(40,10,'Hello World!');
ob_end_clean();
$pdf->Output();
?>