Hai sovrascritto il lilo con l' ntldr... devi semplicemente rimpiazzare il boot-loader... per farlo (non ho mai unsato knopix ma se è come le altre distribuzioni...) basta che inserisci il cd di installazione di linux e quando ti appare il menù cerchi "more options" o simili, se la tua distribuzione lo permette dovresti avere l'opzione recupera boot-loader o simili... altrimenti ti fai aprire una console di ripristino e dai il comando "lilo". ciao!