Se è un acronimo, come nel caso di w3c o cnr, direi proprio di sì.

Qui c'è una bella spiegazione:

- www.htmldog.com/guides/htmladvanced/text/



EDIT:

Ah, dimenticavo una cosa. E' buona norma utilizzare elementi come acronym in coppia con l'attributo title. Ad esempio, con W3C, si fa così:
codice:
<acronym title="World Wide Web Consortium">W3C</acronym>