Non capisco dove incontri delle difficoltà.
Questo semplice programmino, ad esempio, stampa tutti i file contenuti all'interno del drive C del tuo hard disk:
codice:
import java.io.*;

public class ScorriHardDisk {
   public static void main(String [] args) {
      File f = new File("C:\\");
      scorriAlbero(f);
   }

   private static void scorriAlbero(File f) {
      File [] lista = f.listFiles();
      for (int i=0; i<lista.length; i++) {
         if ( !lista[i].isDirectory() ) {
            System.out.println( lista[i].getPath() );
         } else {
            scorriAlbero( lista[i] );
         }
      }
   }
}
Una semplicissima modifica ti permette di scorrere tutti i drive (partizioni e supporti fisici) presenti nel tuo FileSystem.


Ciao.