Si è sicuramente rovinata qualche tabella di allocazione dei file o delle partizioni.
Dubito tu riesca a ripristinare direttamente l'HD.
Quello che ti consiglio è di usare GetDataBack for NTFS di Runtime software. Questo SW esegue un'analisi profonda dell'HD e tenta di recupeare i dati che puoi copiare sul sistema che stai usando per il recupero.