Il fatto è questo.
L'ftp agisce a monte di quasi tutti i programmi di protezione delle directory, che si limitano a proteggere un accesso tramite browser ai file (.htpasswd prima di tutti)
La password ftp garantisce l'accesso più completo a tutto quello che hai pubblicato e a quanto ne so non esiste script che tenga. (Considera che dall'fpt tu puoi scaricare e vedere in chiaro il codice php di ogni singola pagina pubblicata)

Sinceramente non so se esista un metodo per fare un "quote" di uno spazio ftp se non sei il proprietario del server, anche se ne dubito.

Quello che ti consiglio è di lasciar perdere l'ftp e lavorare esclusivamente via browser. Impostare una procedura di login con relativi permessi alle directory non è difficile in php e puoi tranquillamente implementare simpatiche funzioni di upload dei file.

Spero di non averti incasinato di più le idee.