La cosa è complessa. Gli oggetti figlio ereditano dal padre le impostazioni solo se sono stati configurati ad hoc (vedi opzione "eredita dall'oggetto padre le configurazioni propagate...etc" presente nelle proprietà di protezione avanzate. Sinceramente non credo sia una buona idea far ereditare tutte le configurazioni in una partizione in cui c'è un SO web server compreso...

In ongni caso non ho ben capito cosa vuoi fare... devi gestire i permessi sulle cartelle del webserver o su quelle del SO??