sto vedendo su un manuale. qua consigliano:

il illustrator menā Modifica > Preferenze > File e appunti.
modificare le impostazioni predefinite di Appunti da PDF a AICB (nessun supporto per la trasparenza) e selezionare la casella Mantieni tracciati.

poi provare con COPIA (da illustrator) e INCOLLA (su INDESIGN).

prova, in bocca al lupo...

ciao