assicurati che dal bios sia disattivato il controllo virus sull'mbr e, una volta avviato da cd:

cfdisk /dev/hdX (sostituisci X con lettera hd)

imposta il flag bootable sulla partizione di boot o sull'intera partizione di root se boot non è in una partizione per i fatti suoi; salva, riavvia da cd, poi:

mkdir /mnt/linux
chroot /dev/hdXY /mnt/linux (sostituisci XY con lettera hd e numero partizione di root)
lilo

togli il cd, riavvia e incrocia le dita... riporta qui eventuali errori segnalati