ehm ... ma il file richiamato è nella stessa identica posizione e si chiama nello stesso modo?

mi spiego

include_once('ciccio.php');
include_once('includes/ciccio.php');

sono uguali ... in tutto e per tutto ... ma cambia solo la posizione ... php, OVVIAMENTE, dato che non sa il contenuto, li carica tutti e due e ricevi quindi l'errore ... ti convine quindi leggere la path