Ovviamente è possibile in quanto come dici tu i so non sono niente altro che software e nulla di magico..

i dischetti di avvio caricano un mini sistema nella ram e ti permettono di gestire hdd cd ecc..

certo che se i binari di cui parli sono fatti per girare sotto windows è ovvio che non puoi farli partire così a caso.. è come se vuoi eseguire un exe sotto unix sempre di binari si tratta ma hanno entrambi piattaforme diverse come riferimento..

per far girare un programma semplice o complesso in maniera nativa senza so devi assemblarti un linguaggio in grado di interagire con le risorse hardware che vada poi ad eseguire i tuoi programmi...

in pratica cmq alla fine sempre di un mini so si tratta..
anche se poi puo eseguire un solo programma e basta..

ha bisogno di un "media" che gli interpreti il linguaggio.
non viene interpretato ma il so organizza e mette a disposizione le risorse hardware e poi il programma scritto per quel sistema opera direttamente in linguaggio macchina senza essere interpretato da nessuno..