aspe, forse non sono stato capace di spiegare il problema...
Allora, mi trovo in . cioé la cartella "corrente":

-file

-cartella // PHP riesce ad aprirla
--file
--file

--cartella // PHP riesce ad aprirla
---file
---cartella // PHP non riconosce essa come cartella infatti non la apre

-cartella
-file

Cio non riesce riconosce le cartelle di 2 o 3 livello di annidiamento