se tu hai

dir1
|-file1
|-file2
|-dir2


č normale che non ti da l'ok ... xche dir2 sta dentro dir1 e non dentro . ))

if(is_dir($contDir)) {

guarda questa riga

$contDir contiene solo dir2 e non dir1/dir2

come invece fai qui

$nomeDirTmp = $nomeDir . '/' . $contDir;