Il linguaggio macchina (LM) non e' universale. Virtualmente, ogni processore ha un linguaggio macchina differente. La notazione e' numerica: in genere esadecimale, ma puoi usare quella che piu' ti aggrada, la sostanza non cambia.

(Inoltre, un eseguibile ha un suo formato, cosi' come le immagini e i suoni: il file eseguibile non e' la "copia esatta" di cio' che andra' in memoria. Al contrario, l'eseguibile va in pasto a un programma, detto loader, che vi esegue alcune operazioni per poterlo allocare in una zona libera di memoria. Ovviamente: ogni sistema operativo definisce i suoi formati eseguibili.)

L'assembler e' una semplice trascrizione del LM in forma mnemonica: in pratica si usano delle parole e delle etichette, anziche numeri.

I linguaggi di alto livello, e in particolare quelli orientati agli oggetti, aggiungono delle astrazioni che permettono di realizzare diverse sofisticazioni che con il solo assembler non sono possibili. Per quanto, e' sempre possibile scrivere un programma assembler (o LM) che fa la stessa cosa di uno in Java... E infatti prima o poi il programma Java deve diventare linguaggio macchina per poter essere eseguito!!!

In effetti lo studio dell'architettura di un calcolatore (e quindi del suo assembler) ti da' una notevole familiarita' col modo in cui lavorano queste macchine.
A mio parere non c'e' bisogno di impantanarsi su architetture moderne, anche perche' ormai neanche la Intel sa piu' quante schifezze ci sono nei suoi chip.
Oggi come oggi programmare in assembler (sfruttando appieno le potenzialita' offerte dai processori moderni) e' impensabile.

CPU usate a scopo didattico, storicamente, sono lo Z80 e il Motorola 68000.
Puoi procurarti i manuali, testi didattici, emulatori per il tuo sistema operativo, cross-compilatori (cioe' un compilatore che ti permette di ottenere un eseguibile del tuo programma per un altro processore) e tutto cio' che sentirai necessario nel percorso.

Detto cio': i linguaggi moderni (con l'eccezione del C...) e in particolare quelli orientati agli oggetti, sono fatti in modo da poter tranquillamente ignorare tutto cio' che gira "sotto".

Ciao!