Se il tuo file e' binario, per aprirlo fai piu' o meno cosi':

codice:
            File name = new File("C:\\eccetera\\eccetera.etc");
            BufferedInputStream input = new BufferedInputStream  ( new FileInputStream( name ));
La lettura la ottieni con read() che restituisce array di byte. Una volta che hai letto i valori, poi sta a te sapere cosa farne...