devi avere un database che contenga o il file in un campo binario, o un path per il file...il tutto associato ad un id e ovviamente al contatore...

tu creai dei link tipo download.php?id=X

la pagina download.php legge l'id X e preleva il file da database dandolo in putput

su questo punto ti dico che basta leggere il file in modalità binaria e darlo in output specificando il mime type..

da un'occhiata qui:
http://freephp.html.it/articoli/view...sp?id=73&pag=1