nonostante tu abbia eliminato la cache del tuo browser...per essere certi che il problema sia sul server fai queste due prove

- accedi a http://www.miosito.it/flash/es.swf con un altro browser
- accedi a http://www.miosito.it/flash/es.swf con un altra macchina

se effettivamente non cambia nulla la soluzione potrebbe essere
- un proxy che non si aggiorna (sempre che tu ci stia passando di mezzo)
- questa "probabile" cache di apache