fai così:

Codice PHP:
<td nowrap><input name="abilitato[]" type="checkbox" value="<?php echo $row_mod_abil['Id_abilitazione']; ?>"
<?php echo (($row_mod_abil['Abil'] == 1) 'checked' : ''); ?>
nella pagina dove fai gli update
for ($_POST['abilitato'][$i]){
UPDATE tabella SET Abil=1 WHERE Id_abilitazione = $_POST['abilitato'][$i];
}

ti consiglio di memorizzare il campo abil come un campo smallint(1) dove scrivi 1, se è abilitato, e 0, se non è abilitato. E zero come valore di default