Ho provato col mio solito programma e il metodo svolge il suo lavoro. Avendo un pezzo di codice che riproduce il problema, si potrebbe provare...
Su javaforum c'e' un articolo che consiglia di riscrivere il metodo paint (pero' si parla di applet, e il problema era che si trovava al di sotto di altre componenti della pagina al caricamento...) aggiungendo chiamate a setVisible e toFront dopo la chiamata a super.

http://forum.java.sun.com/thread.jspa?threadID=576390