be...se è quello che ho capito...inserisci una tabella a cella unica dove dentro inserirari il tuo filmato flash dandogli la proprietà align="center"....ti faccio un esempio...

<table width="642" height="374" border="0" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" frame="below" hspace="0" vspace="0">

impostando questi parametri la tua finestra sarà sempre centrata al centro pagina...

spero sia quello che volevi..
ciauz