se puoi inserire i comandi a mano:

Comando: RNFR /cartellaA
Risposta: 350 RNFR accepted - file exists, ready for destination
Comando: RNTO /cartellaB
Risposta: 250 File successfully renamed or moved

in questo modo da:

/
|-cartellaA
|-cartellaB

arrivi a:

/
|-cartellaB
..|-cartellaA

o almeno credo

cmq, con "filezilla" (free ed open source) lo puoi fare anche da interfaccia grafica
è anche in italiano