Bhe prima di tutto Benvenuto nel forum.

La prima cosa che mi viene in mente e' il normale problema riscontrato con i frame. Anche se utilizzi gli iframe, il contenuto dello stesso non verra' indicizzato dai motori di ricerca. Verra' fatto per la tua pagina principale (quella contenente l'iframe in se stesso), ma in questo caso non avrebbe senso, xche' secondo me e' molto piu' utile che i motori ti indicizzino il contenuto (dato che in genere e' quello che cambia) piuttosto che i menu, gli headers etc.

Io ti consiglierei di utilizzare i div abbinati ai css, magari con una impostazione tipo "overflow:auto" in cui ti appare la barra di navigazione verticale in caso il contenuto superi la lunghezza del div.

Ci possono essere molte altre soluzioni, ma questo dipende da quello che vuoi fare e da cosa vuoi ottenere.

Ciao