non ci ho capito molto...cmq:

ogni $mail_servers[] che decommenti ti crea un "@domain" di seguito allo username nella finestra di login di UebMiau.. (quello che dici scomodo..)

Se hai configurato correttamente gli alias ti basta entrare con il nome utente e la password dell'alias e decommentare un solo $mail_servers

codice:
$mail_servers[] = Array(
	"domain" => "pippo.it", 
	"server" => "localhost o quello che è", 
	"login_type" => "%user%@%domain%"
);
/*
$mail_servers[] = Array(
	"domain" => "your-Nth-domain.com", 
	"server" => "mail.Nth-domain.com", 
	"login_type" => "%user%@%domain%"
);
*/