non il tempo di upload, ma il time-out degli script php.

C'è un parametro che indica il tempo oltre il quale viene generato un'errore - appunto di time-out - per prevenire possibili blocchi di sistema (per esempio un ciclo infinito dentro uno script php).

In genere è impostato a 30", ma può essere modificato nei file di configurazione php (sul server) o dentro lo script, ma solo se questo non viene impedito (sempre a livello di configurazione sul server).

Codice PHP:
set_time_limit (numero_secondi);