via ftp lo puoi fare ... anche xche via php l'upload è limitato anche dalle dimensioni massime dei file e dai dati in post massimo ricevibili oltre al tempo di input massimo ... non tanto al timeout che entra in gioco dopo la ricezione dei dati

cmq anch'io ti consiglio di fare via ftp ... poi magari tramite uno script fai listare i nomi di file presenti e li prendi da li spostandoli e rinominandoli ... cosi non devi uploadare nulla