Potresti comporre il nome del file mettendo in "append" come suffisso System.currentTimeMillis(), oppure un identificativo id numerico che incrementi di volta in volta... Potrebbe essere una sequence del tuo database che crei allo scopo; oppure, se non disponi di sequence sul db, potresti semplicemente avere una tabella di due soli campi, un id (numerico) e un lock_flag (stringa(1)), che contiene l'ultimo valore utilizzato.
Ogni volta che scrivi un file:
controlli che lock_flag valga 'N' [se vale Y fai una semplice sleep e poi riprovi];
aggiorni lock_flag a 'Y';
prelevi il valore;
lo incrementi;
lo salvi sul db incrementato;
lo usi per creare il file;

In realtà le scelte possono essere tante, dipende dalla fantasia del coder