Non ha molto senso quello che stai facendo. Apache non riconoscerà mai il modulo php se nel file http.conf lo nascondi con # ...ti conviene reinstallare il tutto.

La guida che stavi seguendo, almeno per quelle specifiche versioni dei prgrammi, è ottima.

Però, un consiglio, prova a leggere questo articolo per testare la nuova versione di php5 conservando php4 (troverai anche un riferimento ad una pillola su questo forum).

Oppure, segui questa guida per installare direttamente php5, apache2 e mysql4.1