A me funzionava bene sia con la 4.0 che con la 4.1 senza modificare niente nel file di configurazione.
D'altra parte dato che è progettato per funzionare anche con le mysqli (estensioni specifiche per mysql 4.1) mi sembra strano che non funzioni.
Hai provato a cancellare tutto il phpmyadmin che hai e a "reinstallarlo"?