è consigliato il forum linux, ma ti rispondo lo stesso già che ci sono

php:
ovviamente php, poi apache e mod_php, e un editor qualsiasi (io uso bluefish di solito)

per java:
un java developer kit (consigliano sun, blackdown è lentino)
eclipse (consiglio il precompilato, compilandolo può essere lento, almeno per esperienza personale)

(di java non me ne indendo tanto cmq)