La tua domanda è molto vasta, sono due Desktop Enviroment diversi, due interfacce grafiche diverse per il destop GNU/Linux. Ce ne sono un sacco, i due più conosciuti sono KDE e Gnome, hanno impostazioni diverse, dovresti provarli tutti e due per scegliere quale ti va meglio, è abbastanza soggettivo.
C'è un articolo proprio sui desktop enviroment su linux magazine di marzo.
KDE consente di gestire il destop con un interfaccia grafica avanzata, utilizzando trasparenze, temi ed icoen accattivanti e un sacco di pannelli. Forse è quello più simile a Windows come gestione delle finestre.
GNOME è un progetto nato quando sorsero i primi problemi di licenza con le librerie Qt su cui si basa KDE, così da avere una scelta, nel caso lo siluppo di KDE si fosse fermato ed è basat sulle librerie GTK+.
Nelle ultime versioni ha raggiunto una qualità che lo rende competitivo con KDE.
Questo a grandi linee, ti consiglio di googlare un pò, andando a visitare i siti di HDE e Gnome, per capire meglio.
Spero di esserti stata utile.
Ciao