volendo puoi fare così:

codice:
int x;
string str;
while(getline(in, str)) {
if(str[0] == '#') continue;
else
x = atoi(str.c_str());
}
attenzione che getline si ferma anche se trova uno spazio, cmq basta usare altre funzioni che leggono le stringhe e guardi il primo carattere, se per caso cambi funzione molto probabilmente avrà come parametro un char*(NON usare gets che è bacata), quindi non avrai la comodità della OOP e dell'oggetto string, inoltre se gestirai male l'input del file si potresti cadere in un buffer overflow.