Quandi si clicca su un link che non ha il target definito il browser deduce che la pagina attuale non interessi piu' ed interrompe il caricamento.

Occorre strutturare i link cosi':

<a href="#" onclick="MM_openBrWindow(...parametri...);return false;">

il "return false" al termine delle istruzioni comunica al browser che non si intende procedere verso l'url indicato in href... quindi il browser continua il caricamento della pagina corrente.

ciao