Dipende da che vuoi farne, se devi inserirlo nel db va bene cosi' come', perche' la caratteristica di zerofill e' del campo e non del valore dell'auto_increment. Tu inserisci 3 e troverai 0003 quando estrai.

Se invece lo vuoi visualizzare a video usa le funzioni php, trasforma il numero in stringa e aggiungi gli zero davanti che mancano.