HAPEdit è un normale editor php , con quello scrivi lo script che ti setta i permessi come richiesto.

io non uso HAPEdit e quindi non so se sia possibile accedere tramite FTP in modo da impostarli direttamente senza uno script ad-hoc.
comunque è molto semplice, basta fare un file con le istruzioni che ti hanno suggerito prima, caricarlo sul server ed eseguirlo.

un'alternativa molto semplice e più veloce è quella di settare i permessi tramite il proprio client FTP [ il programma che usi per caricare i files sul server ]; ad esempio io uso fileZilla ed è molto semplice ed intuitivo. FileZilla lo trovi gratuitamente su internet ed è un ottimo client FTP.