Se il sito è strutturato in varie pagine html diverse (con all'interno i filmati flash) non possiamo aiutarti visto che caricando una nuova (o la stessa) pagina si riavvierebbe il filmato e di conseguenza la musica.

comunque ti passo questo.
http://flash-mx.html.it/guide/view_l...dguida=5&id=66