Punto 1.
Se ci sono errori HTML il JS potrebbe non funzinare a causa di quelli.
Punto 2.
Se non dici che errori trovi non possiamo aiutarti.
Punto 3.
Consiglio: testa con un browser diverso: nella valutazione degli errori la famiglia Mozilla / Netscape7 / FireFox e` di gran lunga superiore.
Punto4.
Certi errori vengono visti solo con la pagina online, e a volte la pagnia in locale segnala degli erorri che non ci sono.