Quel che succede e' semplice:

chiude la vecchia sessione ed i dati presenti vengono abbandonati.
apre una nuova sessione, invia il cookie e crea il file di sess vuoto.
Scrive i nuovi dati che gli devi passare nella sessione nuova.

In pratica, ammesso tu abbia dati di sessione che vengono ampliati/completati con lo scorrere delle pagine, se lo user ritornasse a pagine precedenti mantenendo sempre lo stesso id, si troverebbe con dati gia' settati, oppure ammettiamo che si sia organizzato dei dati che devono venire eseguiti una volta soltanto si riparte tutto dall'inizio con una nuova sessione. Incluso il riconoscimento utente.

Se fai $_SESSION = array(); ottieni lo stesso risultato senza cambiare il numero di sessione. Oppure unset($_SESSION[pippo]) ti azzera uno specifico valore.