Non ci siamo.
Nella tua affermazione ci sono troppe inesattezze, che impediscono la corretta comprensione.

Abbiamo un file HTML.
Questo file HTML linka (ad esempio con tag <script src="..."...> ) UN file JS.
Tale file JS contiene dei dati
var pippo = "alto";
vat pluto = 27;
e contiene delle funzioni
function topol (alfa, beta, gamma) { ... }

Ora una volta caricata al pagina ed il file esterno, sia i parametri che le funzioni fanno parte della pagina, quindi si usano come fossero nello stesso file (tag <script senza src)

Quindi se da una istruzione JS (ad esempio compresa in un evento) chiami la funzione, puoi passare dei parametri:
onclick="topol('caio', pippo, 13);"
tali parametri possono essere stringhe ('caio'), altre variabili (pippo, definita altrove nello script o in istruzioni del codice HTML), o numeri (13).