$primoHandler = mysql_connect($host,$user,$pass);
$secondoHandler = mysql_connect($host,$user,$pass);

mysql_select_db('primodb', $primoHandler);
mysql_select_db('secondodb', $secondoHandler);

$query = "SELECT * FROM tabella";

$result1 = mysql_query($query, $primoHandler);
$result2 = mysql_query($query, $secondoHandler);

dovrebbe essere così

Ciao
Yuri