Ad esempio, nella all'interno della funzione devo rifare l'include del file config.php perchè altrimenti non lo legge anche se richiamato precedentemente nella pagina che chiama in causa quella funzione.

Può essere un problema di HEADER ?

In quella funzione posso includere il config.php , il controllo cookies , ma non l'header del sito ovviamente, forse qualche cosa si "impalla" per questo motivo.