Non sono sicurissimo, ma potresti fare così.
Disinstalli Thunderbird dopo aver salvato la cartella, lo reinstalli, vai nella nuova cartella creata nella stessa posizione e ci copi tutti i file della vecchia cartella con le mail dentro, dovrebbe funzionare.

Per le prossime volte, puoi creare periodicamente un backup di tutto con Moz Backup, ti salva tutto: mail, impostazione, ecc.