codice:
String path = c.getClassLoader().getResource(pacchetto).getFile();
File dir = new File(path); // Trasforma in File
In questo modo funziona ancora con i file "esplosi" e riesco a leggere il percorso relativo al JAR:

file:\C:\jdek\Lotto\dist\Lotto.jar!\ruote

Ma se faccio dir.listfiles() non ritorna niente.