nel primo c'è questo pezzo in più "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd"

scherzi a parte, il primo ha in più l'uri della dtd in uso! con quel link in più cambia il comportamento del browser che funziona in modalità standard. col secondo doctype invece i browser funzionano in modalità quirk o retrocompatibile! si hanno quindi comportamenti diversi!
toh leggiti questo articolo http://pro.html.it/articoli/id_312/idcat_31/pro.html
a pagina 5 hai tutti i comportamenti