Ci ho pensato bene e la soluzione è più semplice del previsto. quella di raccattare solo dopo lo "sfoglia" e lo "spedisci sul server" il solo nome file.
Faccio che il php restituisca a flash solo il nome file, dopo l'upload, che è anche più corretto forse..

..ciò non toglie che il problema di come gestire un percorso con i backslash rimane..