Sull'estensione non credo che tu abbia scelta: EXE.
Per farlo partire all'avvio di Windows hai 2 possibilitā: o lo copi all'interno della cartella "Esecuzione automatica", oppure vai a modificare il registro di configurazione, inserendo una nuova stringa, valorizzata con il nome del programma, in questa posizione:
codice:
HKEY_LOCAL_MACHINE
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+--- SOFTWARE
     |
     +--- Microsoft
          |
          +--- Windows
               |
               +--- CurrentVersion
                    |
                    +--- Run
Ciao.