Intanto il newDate() all'inizio non serve a una cippa

dat = new Date();
gg = dat.getDate();
mm = (dat.getMonth() + 1);
aa = dat.getFullYear();
if(mm<10){
// molto più comodo dirgli "minore di 10" che "uguale a 1 o //uguale a 2 o uguale a 3 o uguale a 4 o uguale 5 o uguale a 6 //o uguale a 7 o uguale a 8 o uguale a 9
mm="0"+mm;
}


"impostato" nel senso di come hai organizzato le cose all'interno del movieclip, perchè io ho provato e funziona benissimo, se fai

onClipEvent(enterFrame){
//dat = new Date(); Questo puoi anche toglierlo visto che //l'hai già impostato prima nello script della data
hh = dat.getHours();
mn = dat.getMinutes();
ss = dat.getSeconds()
ora = hh + "." + mn;
if(ss<10){
ss="0"+ss;
}
trace(hh + " : " + mn + " : " + ss)
}

Noterai che ti da l'ora giusta con l'aggiunta dello 0 quando necessario