Sì, dovresti pubblicare un exe perchè altrimenti fscommand non va.
In più, se l'utente non dovesse avere installato il flash player gli swf non li vedrebbe, mentre con il proiettore (cha ha le runtimes di flash incorporate) non ci sono problemi.
Per creare più mail ti ho fatto quest'altro eseguibile:
Questo lo metti nella cartella fscommand e il file di testo deve essere nominato uguale.
Ad esempio per la prima mail chiamerai l'eseguibile "mail1.exe", il file di testo "mail1.txt" e da flash userai fscommand("exec","mail1.exe").
Per la seconda mail sarà "mail2.exe","mail2.txt",fscommand("exec","mail2.ex e")
E così via per le diverse mail che hai.