Potresti provare con una funzione di questo tipo

codice:
...

char c,

     dati[MAX_DATI][MAX_LUNGHEZZA];


int i,
    j;
...

i=0;
j=0;

while ((c=fgetc(f_pointer))!=EOF){
    if ((c!='\n')&&(c!=' ')){
        dati[i][j]=c;
        j++;
    }
    else{
        dati[i][j]='\0';
        j=0;
        i++;
    }
}